I funghi hanno la fondamentale funzione di degradare la sostanza organica, facilitando la mineralizzazione della stessa e rendendo disponibili gli elementi nutritivi minerali per essere nuovamente assorbiti dalle radici delle piante. Sono in sintesi protagonisti della parte terminale del cosiddetto “ciclo del carbonio”. I funghi simbionti inoltre sono assai utili alle piante in quanto aumentano il potere di assorbimento dell’acqua da parte dei vegetali (aspetto assai importante durante i periodi siccitosi) in cambio di materia organica che da soli non sarebbero in grado di sintetizzare non possedendo la clorofilla. I funghi in genere sono inoltre grandi accumulatori di sostanze tossiche (metalli pesanti e radiazioni innanzitutto), per questo alcuni esperti li paragonano a “spazzini dei boschi”.